V rodném městě absolvoval Špidlík gymázium a po té začal studovat na filosofické fakultě v Brně. V roce 1940 vstoupil do jezuitského řádu. Na kněze byl vysvěcen v roce 1946 v holandském Maastrichtu. Do vlasti se pak už nemohl vrátit. Působil na římských i mnoha dalších universitách, dlouhá léta byl spirituálem římského Nepomucena. Věnoval se teologii křesťanského východu. Papež Jan Pavel II. jej v roce 2005 jmenoval kardinálem. Kardinál Špidlík zemřel v Římě, pochován je na Velehradě.